Seychely byly až do 18. století neobydlené co vede k tomu, že mnohé druhy zvířat či rostlin jsou endemické. Seychely se dnes pyšní dvěma národními parky, sedmi mořskými parky a několika chráněnými oblastmi ve správě státu nebo nevládních organizací.
Želvy obrovské v současnosti žijí už jen zde a jejich příbuzné želvy sloní na Galapágách. Kromě to zde žijí kaloni, gekoni, scinkové a bodlíni. Každý z ostrovů se pyšní několika vzácnými druhy ptactva.
Nejběžnejšími stromy na Seychelách jsou přesličníky přesličkovité a palmy kokosové. Vyskytuje se zde přibližne 80 endemických druhů. Panenské pralesy se nyní nacházejí jen ve vyšších polohách ostrovů Silhouette a Mahé a ve Vallée de Mai na Praslinu. Tohle údolí je jedním ze dvou míst na světě, kde rostou obrovské palmy coco de mer (lodoicea seychelská). Tím druhým místem je blízky ostrov Curieuse.
Seychely jsou také oblíbenou destinacií pro pozorování vzácneho druhu ptactva a potápění. Krystalově čisté vody Indického oceánu otevírají zcela nový svět dobrodružství a zábavy. Podmínky pro potápění jsou perfektní. Jsou zde stovky různých druhů korálů, nad kterými můžete žasnout. Šnorchlování jen pár metrů od břehu Vám odhalí barevnou krajinu žijících korálů, mušlí a některé z 900 druhů ryb. Také rybáři shledají Seychely rájem. Moře je přeplněno marliny, žlutoploutvými, tuňáky a mnoha dalšími druhy ryb.